Según esta ONG, la principal amenaza con la que se encuentra la cigüeña negra es la degradación de su hábitat, debido la presión urbanística y la construcción de infraestructuras, como grandes vías de comunicación y embalses. También el precario estado de muchos humedales españoles, afectados por la contaminación o la falta de agua.

A parte de las pocas parejas que invernan en España, fundamentalmente en las marismas de Guadalquivir y en humedales de Extremadura, en los próximos dos meses habrá ejemplares de otros países europeos que atravesarán la península en su paso hacia África, donde pasan el invierno. Por otro lado, los expertos lamentan que los tendidos eléctricos y vallados, junto a la muerte por disparos ocasionales afectan también a su conservación.

Para hacer el seguimiento de esta especie, protegida por el Gobierno de España con la categoría de "vulnerable", SEO/BirdLife pide colaboración ciudadana e insta a los aficionados a la ornitología a que registren su observación en la aplicación gratuita de móvil eBird, que se ha convertido en una poderosa herramienta de ciencia ciudadana. Además, desde la organización se pide que se lleve a cabo un censo nacional y planes para recuperar la especie.