WWF ha puesto de manifiesto, a pesar de las mejoras en protección marina, principalmente en zonas costeras, lo que las ONG han denunciado en los últimos años:

Que las zonas más alejadas de costa y las más profundas son las menos protegidas, a pesar del aumento de información científica que demuestra su importancia:

De ahí que buena parte de las conclusiones se centren en la insuficiencia de espacios protegidos en estas zonas, tanto en el Atlántico, la Macaronesia y el Mediterráneo, y por tanto, se insiste en la obligación de los Estados de nombrar más espacios Natura 2000 para estos hábitats y especies en estas zonas marinas. 

De lo contrario, la Comisión podría tomar medidas sancionadoras contra los países que no cumplan con estas obligaciones.

En el caso de España, nuestro país lidera la lista de los que más esfuerzos han realizado en los últimos años para proteger la parte marina. De hecho, gracias al proyecto INDEMARES, se pasó de menos del 1% de superficie protegida al 8,5%.

El problema de todo esto es que todavía quedan muchas zonas que deben subsanarse, y que se sitúan en las zonas de alta mar. Estas áreas están ubicadas sobre todo en: la cornisa cantábrica, donde importantes zonas por sus hábitats y especies siguen sin estar incluidas en la red Natura 2000. 

También cabe destacar obligación de designar más sitios en el Mediterráneo donde se localizan importantes montañas submarinas o  en Canarias donde tanto la Comisión Europea como el MAGRAMA han reconocido en este foro la importancia de crear el santuario de cetáceos de Canarias.