Existen reglas que rigen los comportamientos de los ecosistemas, algo parecido a lo que ocurre con la genética y que abre paso al desarrollo de la ingeniería ecológica.
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El estudio de cómo afecta la inclusión de un organismo en la naturaleza favorece que puedan investigarse las interacciones de estos entre sí y con el entorno. El Instituto de Biología Funcional y Genómica (IBFG-CSIC-USAL), el centro mixto del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y la Universidad de Salamanca (USAL)demuestra que dichas interacciones se pueden estudiar usando el mismo tipo de modelos estadísticos que se usan para entender y predecir interacciones entre genes.
El objetivo final consiste en diseñar comunidades completas que realicen tareas relevantes. Para ello, ha sido de utilidad formar cientos de ecosistemas microbianos artificiales para explicar las especies que forman un entorno y sus propiedades.